这个故事发生在一个虚构的未来世界。那时，由于疏忽和粗心大意，人类失去了控制海洋的能力。大海变成了一个人们无法到达的地方。占据那里的是一种叫做“深海居住船”的强大力量。为了对抗这股力量，一群名叫“护卫舰娘”的女孩出现了。在他们的身体里，他们活在战舰的灵魂里，他们也以明天的形式成为各种战舰，为人类的和平做出不懈的努力。平日，船娘们在名为“看家”的大本营进行日常生活和训练。一天，一个名叫“吹雪”的活泼女孩(由上坂堇配音)出现在大家面前。当她第一次到达时，她充满了骄傲和热情，并加入了舰队的新生活。在这里，日常生活充满了兴奋和激动。