继续前一集的情节，狮子亚历克斯(由本·斯蒂勒·本·斯蒂勒配音)、斑马马蒂(由克里斯·洛克·克里斯·洛克配音)、长颈鹿大卫·史温默(由大卫·休默配音)、河马格洛丽亚(由贾达·萍克特·史密斯·贾达·萍克特·史密斯配音)和企鹅们修复并翻新了一架旧的失事飞机，以便离开马达加斯加返回色彩缤纷的纽约，并成功起飞。当每个人都开始庆祝他们终于可以返回纽约时，飞机出人意料地降落在非洲大草原上。在这里，狮子亚历克斯终于见到了他的父母。然而，由于太多不同的生活习惯和不同的言行，这些来自纽约的动物似乎不合适。这些纽约中央公园的前动物明星在野外的这种艰难环境下应该做些什么？虽然我在这里遇到了自己的同类，但由于习惯不同，我无法完全融入他们的团体。为了融入环境，与同类人建立良好的关系，每个人都使用各种各样的动作和充满笑话。